Teniendo en cuenta la situación crítica de presencia de contaminación de los maíces criollos en los territorios indígenas, estas organizaciones y una organización indígena nacional con el apoyo de la Alianza por la Agrobiodiversidad, tomaron la decisión de interponer en el año 2022 una Tutela colectiva en contra del Ministerio de Agricultura y desarrollo Rural y otras autoridades del orden nacional y local. El objetivo de esta demanda busca que el Estado reconozca la presencia de contaminación de los maíces en territorios indígenas y obligar a estas entidades a adoptar medidas reales para controlar la afectaciones ambientales y socioeconómicos de los cultivos transgénicos.
Esta tutela fue denegada en dos ocasiones y fue seleccionada por la Corte Constitucional para su estudio, y luego de un riguroso por la Corte, en julio de 2023, emitió la sentencia T-247/23, mediante la cual le da la razón a los demandantes de la Tutela, y señalo que existe un riesgo latente de afectación por los cultivos de maíz transgénico en los territorios indígenas, que existen barreras jurídicas y técnicas y falta de articulación institucional para salvaguardar y proteger las semillas nativas y criollas.
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