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Una de las mayores preocupaciones que tienen las pueblos étnicos y comunidades campesinas de Colombia frente a los cultivos transgénicos es lo qué sucederá con la enorme biodiversidad de especies y variedades de semillas criollas y nativas que conservan las comunidades en sus territorios,
cuando se crucen los cultivos locales con los cultivos transgénicos y ocurra lo que se ha denominado como la contaminación genética. Gracias a los procesos de conservación, uso y difusión de semillas locales, las comunidades étnicas y campesinas han garantizado su soberanía y autonomía alimentaria y la protección de las semillas frente a las amenazas externas. En Colombia es muy crítica la situación del maíz, puesto que el país es un importante centro de diversidad de maíces, y en varias regiones este cultivo hace parte de la cultura y del sustento de millones de personas en el campo.
Desde hace diez años, el Instituto Colombiano Agropecuario (ICA) aprobó la siembra comercial de maíz transgénico en todo el territorio nacional, excepto en resguardos indígenas. Así mismo, el Instituto Nacional de Vigilancia de Medicamentos y Alimentos (INVIMA), ha otorgado licencias sanitarias para la importación masiva de maíz transgénico que se utiliza en la cadena alimentaria humana y animal, sin estar etiquetado.
Es en este contexto que las organizaciones campesinas, indígenas y organizaciones ambientales y rurales, preocupadas por lo que está sucediendo con el maíz transgénico en el país, han emprendido numerosas acciones para defender la diversidad biológica y cultural del maíz, a través de la recuperación, conservación y difusión de las variedades criollas y nativas. También se han realizado en varios territorios indígenas
y campesinos, pruebas técnicas estándar para determinar si sus variedades están contaminadas por los maíces genéticamente modificados (GM). Estas pruebas se han realizado en zonas que tienen una alta diversidad de variedades de maíces criollos, algunas de ellas cerca a los monocultivos de maíz y otras en zonas alejadas de estas plantaciones. Igualmente la Red de Semillas Libres de Colombia (RSL) realizó pruebas técnicas para identificar la presencia de eventos transgénicos sobre muestras de semillas de maíz comercial certificadas como no transgénicas, provenientes de varias zonas rurales.
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